毎回git pullの最初でPermission denied (publickey)エラーが出るのは、SSH鍵がmacOSのキーチェーンに保存されていないため。ssh-add --apple-use-keychain ~/.ssh/githubで鍵をキーチェーンに追加すれば、再起動後も自動的にロードされるようになる。